随着系统的实施和不断深入应用,最终用户对企业管理系统软件有了更深的了解，企业的发展变化和业务模式的调整，对企业管理系统软件就会提出更多的要求。
         对于迫切需要理顺管理的企业--要上。很多企业在创业阶段，往往会忽略内部的一些管理，包括执行制度的建立运作规程建立企业文化的发展等，这种企业发展到一定规模后，企业会陷入一种理不清的混乱状态，对于这类企业上企业管理系统目的就是为了借助企业管理系统的力量理顺管理问题，借助软件功能的应用进行规范管理。
         对客户订单进行分析，针对出货商品的订单量做出趋势图。可重点管控，对其成本分析，并尽可能降低其销货成本，从而增加利润并可对商品销售作出预测
         如果出现同一个集团不同项目需要不同的负责人审批，那么可以在流程审批的节点自定义指定下一步审批人，无需设置多个流程。
         薪酬设计主要实现建立薪酬设计中的薪酬项目，再将薪酬等级化并给不同等级赋予相应的薪酬金额，形成企业的薪酬体系表;在薪酬规则和薪酬计算中，HR薪酬人员可以根据职员的职等职级职务考核结果等相关属性作为员工定级定薪的依据，定级定薪结果可在计算后再调整，结果审核后可以直接应用到个人薪酬核算。
         资产管理有形大型机械设备还有公司上的一些资产常常列为固定资产来管理。在固定资产管理中，资产的档案信息不全，调拨维修保养记录信息不及时登记，造成在管理上的混乱。通过资产管理模块，不但记录资产的档案信息，记载资产的初始存放位置，中间过程有流转的记录，出现状况有相应的维修保养记录，让资产管理形象化，而不再是一个隐形的管理。
         企业管理系统的应用达到了以上三个方面，就可以认为第二阶段取得成功。此时，企业管理系统系统所带来的效益是明显的。